Основные источники питьевой воды в Республике Алтай — подземные. Большая часть запасов хозяйственной и питьевой воды находится на месторождениях Улалинское (снабжает город Горно-Алтайск), Катунское (снабжает село Майма) и Кубинское.
На крупных водозаборах качество подземных питьевых вод соответствует нормативам. Микробиологические и санитарно-химические показатели воды стабильные. Удельный вес проб, не отвечающих санитарным нормам по микробиологическим показателям, минимален.