Питьевые и бытовые потребности жителей Сахалинской области обеспечивают поверхностные и подземные источники (примерно в равной степени — 47,42% и 35,97%). Ежегодно поверхностные воды подвергаются загрязнению из-за промышленных предприятий и жилищно-коммунальных хозяйств. Около 22% сточных вод, сбрасываемых в водные объекты, не проходят предварительную очистку и обеззараживание. Среди характерных загрязнителей — нефтепродукты, фенолы, медь, взвешенные и органические вещества.
Примерно 50% добываемых подземных вод не соответствуют гигиеническим нормам питьевой воды по мутности и цветности, а также содержанию железа и марганца. В некоторых районах отмечено повышенное содержание солей жесткости и излишняя минерализация. Как правило, присутствие этих веществ объясняется природной особенностью вод.
Появление в воде кремния и бора связано с неправильной эксплуатацией зон санитарной охраны и нарушением правил на водозаборах.