Население края в основном получает воду из подземных источников. Централизованное водоснабжение существует в 48 городах и 1 166 сельских поселениях.
Для воды Краснодарского края характерно превышение содержания железа, соединений тяжелого металла и повышенная мутность.
На качество воды реки Кубань влияет химический состав более 14 000 рек, впадающих в нее, а также минеральных источников.
Большое количество загрязнителей, содержащих патогенные микроорганизмы и химические соединения, попадает в воду в районе городов Краснодара (66%), Армавира (8,6%) и Кропоткина (2,3%). В донных отложениях скапливаются хлорорганические соединения, пестициды и гербициды, смываемые с орошаемых земель.
Санитарно-гигиеническое качество подземных вод в основном соответствует нормам. В Староминском, Кущевском, Каневском, Ейском и Ленинградском районах зафиксировано превышение показателей минерализации, цветности и сероводорода.
Одна из типичных проблем питьевой воды в Краснодарском крае — повышенное содержание железа и марганца.