Дирекция как юридическое лицо существует с 1995 года.
Федеральное автономное учреждение «Проектная дирекция Министерства строительства и жилищно-коммунального хозяйства Российской Федерации» переименовано из федерального автономного учреждения «Федеральный центр ценообразования в строительстве и промышленности строительных материалов», созданного в соответствии с Федеральным законом от 3 ноября 2006 г. № 174-ФЗ «Об автономных учреждениях», постановлением Правительства Российской Федерации от 26 июля 2010 г. № 539 «Об утверждении порядка создания, реорганизации, изменения типа и ликвидации федеральных государственных учреждений, а также утверждения уставов федеральных государственных учреждений и внесения в них изменений» и на основании приказа Министерства регионального развития Российской Федерации от 30 марта 2011 г. № 132 путем изменения типа федерального государственного учреждения «Федеральный центр ценообразования в строительстве и промышленности строительных материалов» на федеральное автономное учреждение «Федеральный центр ценообразования в строительстве и промышленности строительных материалов». Федеральное государственное учреждение «Федеральный центр ценообразования в строительстве и промышленности строительных материалов» создано приказом Министерства строительства Российской Федерации от 17 ноября 1995 г. № 17-122 и переименовано приказом Федерального агентства по строительству и жилищно-коммунальному хозяйству от 18 апреля 2005 г. № 94.

Дирекция как подведомственная организация Минстроя России работает с 2012 года.
Пунктом 1 распоряжения Правительства Российской Федерации от 25 июля 2012 г. № 1350-р федеральное автономное учреждение «Федеральный центр ценообразования в строительстве и промышленности строительных материалов» передано в ведение Федерального агентства по строительству и жилищно-коммунальному хозяйству. Указом Президента Российской Федерации от 1 ноября 2013 г. № 819 Федеральное агентство по строительству и жилищно-коммунальному хозяйству преобразовано в Министерство строительства и жилищно-коммунального хозяйства Российской Федерации.

Краткие итоги 2021 года.
В 2021 году ФАУ «Проектная дирекция Минстроя России» реализованы мероприятия по мониторингу и сопровождению национальных проектов «Жилье и городская среда», «Экология» (федеральных проектов «Формирование комфортной городской среды», «Жилье», «Чистая вода» и «Оздоровление Волги», ведомственного проекта цифровизации городского хозяйства «Умный город»), проведена работа по сбору, анализу и подготовке справочно-аналитической информации по ходу реализации федерального проекта «Формирование комфортной городской среды».
В рамках реализации Федерального проекта «Жилье»:
- разработаны единые стандарты и типовые административные регламенты предоставления наиболее массовых государственных и муниципальных услуг в строительстве, проекты новых форм разрешения на строительство, разрешения на ввод объекта в эксплуатацию;
- обеспечен сбор, обработка и анализ информации о показателях в сфере жилищного строительства Российской Федерации, подготовлены интерактивные отчеты (дашборды) о ходе реализации ФП «Жилье» и состоянии жилищного строительства в Российской Федерации, субъектах РФ;
- разработана и введена в эксплуатацию информационная система для хранения, обработки и систематизации фото- и видеоматериалов объектов жилищного строительства (ИС Медиабанк);
- с целью определения потенциала развития жилищного строительства проведен анализ основных показателей социально-экономического развития городов России с численностью населения более 100 тыс. человек за период с 2012 по 2021 гг.;
- проведено исследование «Анализ нормативного правового регулирования системы документов стратегического планирования на предмет их согласованности между собой в части планирования и развития жилищного строительства, в том числе в контексте планирования социально-экономического развития».
В рамках реализации ведомственного проекта «Умный город»:
- посчитан индекс IQ городов (методика разработана Минстроем России совместно с МГУ им. Ломоносова);
- подведены итоги номинации «Модернизация городского хозяйства посредством внедрения цифровых технологий и платформенных решений («умный город»)» Всероссийского конкурса «Лучшая муниципальная практика», определено 10 победителей;
- совместно с Минстроем России и АНО «Диалог Регионы» создана и внедрена единая федеральная платформа для онлайн голосования граждан по выбору общественных территорий, планируемых к благоустройству в 2022 г.;
- разработана информационная аналитическая система «Система мониторинга и анализа реализации мероприятий по цифровизации городского хозяйства «Умный город».
ФАУ «Проектная дирекция Минстроя России» провело работу в части цифровых коммуникаций и взаимодействия со СМИ, организовало мероприятия и работу с молодежью, а также вело работу координационного совета по вовлечению молодежи в развитие территорий. В результате реализации направления по вовлечению молодежи и добровольцев в развитие территорий:
- созданы и запущены в работу добровольческие объединения в 60 субъектах РФ;
- определены ответственные лица за развитие добровольчества в структурах органов государственной власти, ответственных за реализацию федеральных проектов «Формирование комфортной городской среды», в 65 регионах.
В мероприятиях федеральных проектов «Формирование комфортной городской среды» приняли участие более 351 тыс. добровольцев:
- организованы информационно-просветительские мероприятия для молодежи и добровольцев, а также проект для молодежи «Точка сборки»;
- проведена методическая подготовка для вовлечения волонтеров в организацию и проведение первого Всероссийского онлайн-голосования по выбору общественных территорий на единой федеральной платформе по голосованию за объекты благоустройства.